In der Nacht können aufgrund der geringeren Taktung der U6 durchgehende Fahrten zwischen Klinikum Großhadern und Garching-Forschungszentrum/Fröttmaning angeboten werden.
Von Montag bis Donnerstag betrifft dies einzelne Fahrten unmittelbar vor Betriebsschluss (ca. 01:30 Uhr) und Betriebsbeginn (ca. 04:30 Uhr).
In den Nächten Freitag/Samstag (bis ca. 07:00 Uhr) und Samstag/Sonntag (bis ca. 08:00 Uhr) fährt die U6 durch.